與其他蛋白激酶相似,ERK2、p38和JNK1都具有一個較小的氨基酸結構域和一個較大的羧基端結構域,兩者之間由一個交叉區連接在一起。氨基酸結構域主要由β折疊組成,而羧基端結構域則主要為α螺旋,兩個結構與交界處形成一個裂隙,為ATP結合位點。