為防止移植物抗宿主病發生，應將擬輸的全血或血制品應用射線照射，以滅活免疫活性細胞，或采用冰凍過的紅細胞。
應用骨髓移植進行免疫重建是治療本病最有效的方法。采用HLA配型相容的同胞提供骨髓組織，成功率最高；如應用HLA不相容的供髓組織，幾乎都發生移植物抗宿主病而失敗。預選用植物血凝素、單克隆抗體與補體或者免疫毒素處理供體骨髓，以清除引起移植物抗宿主病的成熟T細胞，可明顯提高移植HLA不相容骨髓的成功率。此外，也可移植胎肝或胎兒胸腺，但療效有限。
對ADA缺乏型SCID多次輸經過置換和照射過紅細胞有一定療效。另外，每周肌肉注射一次大劑量牛ADA結合型聚乙烯乙二醇（PEG-ADA）也有較好的效果。