中毒性菌疾腸道病變輕微,多見充血水腫,個別病例結腸有淺表潰瘍,但全身病變重要多臟器的微血管痙攣及通透性增加,突出的病理改變為大腦及腦干水腫,神經細胞變形及點狀出血,腎小管上皮細胞變性壞死,部分病例腎上腺充血、皮質出血和萎縮。