1、 涂片顯微鏡檢 最簡單的真菌學診斷方法是對臨床標本（痰液、支氣管肺泡灌洗液）進行直接顯微鏡檢查。過碘酸雪夫染色（PAS）和銀染等特殊染色可以更清楚地顯示真菌細胞。曲霉感染可見無色、45°分支分隔的菌絲。
2、 真菌培養 從無菌部位如血液、胸腔積液、支氣管肺泡灌洗液以及活檢組織塊中分離出條件致病菌常提示肯定的感染,但對痰液等標本則應謹慎解釋結果。一次培養結果陽性往往不能確定診斷,必要時應多次重復檢查,同時陰性結果并不能排除侵襲性曲霉病。
3、 組織病理學 在組織中證實真菌成分的存在是深部真菌感染診斷的“金標準”。確定侵襲性真菌感染一定要具備真菌向組織內侵入、增殖的直接證據。可通過經纖維支氣管鏡肺活檢、經胸壁穿刺活檢或開胸活檢獲取標本,進行病理檢查。
4、 抗原及其代謝物質檢測 與抗體檢測相比,抗原和代謝物成分的檢測敏感性高、特異性好,能夠反映病情的變化,對于免疫功能受損的患者更有價值。體驗（血液、支氣管肺泡灌洗液）中抗原半乳甘露聚糖（galactomannan,GM）檢測是一種較好的方法。GM是曲霉細胞璧上的一種多糖抗原,有甘露聚糖和呋喃半乳糖側鏈組成,呋喃半乳糖具有抗原性,采用雙夾心酶聯免疫吸附（double-direct sandwich ELISA）方法檢測。文獻報道,GM診斷侵襲性曲霉病的敏感性為80.7%,特異性為89.2%。國內制定的侵襲性肺部真菌感染的診治原則規定GM兩次陽性有臨床診斷意義,其缺點是受某些食物或藥物的影響可致假陽性結果。另外,還可以采用檢測真菌細胞壁成為1,3-β-D-葡聚糖試驗（G試驗）,可對系統性真菌病的診斷進行篩查。文獻報道,如果以≥60pg/ml為診斷閾值,診斷侵襲性真菌感染的敏感性為97%,特異性為90%~96%,所用確診或高度可疑的侵襲性真菌感染患者在出現明顯的臨床癥狀之前,至少有一次血漿G試驗結果為陽性。G試驗無法區分真菌種類。污染、溶血、血液透析和使用香菇多糖的患者可出現假陽性結果。某些抗菌藥物,如多粘菌素E、厄他培南、頭孢噻肟、頭孢吡肟和磺胺類藥物等,有可能導致G試驗呈假陽性。