體內有些酶可在其他酶的作用下，將酶的結構進行共價修飾，使該酶活性發生改變，這種調節稱為共價修飾調節(covalent modification regulation)，這類酶稱為修飾酶(prosessing enzyme)。
堿性磷酸酶去除5′－P，可防止二分子DNA片段5′端P基團自身空間障礙，影響DNA分子之間的連接，一般用堿性磷酸酶處理載體DNA除去5′端P基團，在連接酶作用下 目的基因的5′端P先與載體3′端OH連接，再通過復制修復另一條鏈，使二條鏈完全連接。該方法大大提高了連接效率。
