一般認為，慢性假性腸梗阻是腸肌肉或神經發生病變所引起，可分為以下兩類。
1.原發性慢性假性腸梗阻
又稱慢性特發性假性腸梗阻，其病因不清楚，可能與染色體顯性遺傳有關。許多患者具有家族史，且可累及胃腸道以外的一些臟器（如膀胱），故有人稱之為家族性內臟肌病或遺傳性空腸內臟肌病，根據腸壁的病變情況可分為以下3種。
（1）肌病性假性腸梗阻（內臟肌病） 病變主要在腸壁平滑肌，可分家族性或散發性，其主要病理變化是腸壁環行肌或縱行肌的退行性變，以后者為甚，有時肌肉完全萎縮，并被膠原代替。
（2）神經病性假性腸梗阻（內臟神經病） 病變主要在腸壁肌肉間神經叢的神經，為散發性或家族性，其病理變化主要發生在腸壁肌間神經叢，表現為神經元和神經元突起的退行性變和腫脹，有些病例尚有神經系統的其他部分受累。
（3）乙酰膽堿受體功能缺陷性假性腸梗阻 無肌肉或神經的器質性異常發現，但生理試驗測定有腸運動功能的異常，部分病例的發生可能與腸平滑肌的毒蕈堿乙酰膽堿受體功能的缺陷有關。
2.繼發性慢性假性腸梗阻
多繼發于其他疾病或因濫用藥物所致，與慢性假性腸梗阻有關的疾病和藥物有：
（1）小腸平滑肌疾病 ①膠原血管性疾病 硬皮病，進行性全身性硬化癥，皮肌炎，多發性肌炎，全身性紅斑狼瘡；②浸潤性肌肉疾病 淀粉樣變；③原發性肌肉疾病 強直性肌營養不良，進行性肌營養不良；④其他 蠟樣色素沉著癥，非熱帶口腔炎腹瀉。
（2）內分泌疾病 ①甲狀腺功能 減退；②糖尿病；③嗜鉻細胞瘤。
（3）神經性疾病 帕金森病，家族性自主性功能失調，Hirshsprung病，Chang病，精神病，小腸神經節病。
（4）藥物性原因 ①毒性藥物 鉛中毒，蘑菇中毒；②藥物副作用 酚噻嗪類，三環抗抑郁藥，抗帕金森病藥，神經節阻滯劑，氯壓定。
（5）電解質紊亂 低血鉀，低血鈣，低血鎂，尿毒癥。
（6）其他 空回腸旁路，空腸憩室，脊索損傷，惡性腫瘤。
其中以系統性硬化癥致慢性假性腸梗阻為多見，其主要病理變化為腸壁平滑肌萎縮和纖維化，又以環行肌的病變為甚；淀粉樣變性可見腸壁肌層內有大量淀粉沉積；黏液性水腫腸壁肌層有黏液性水腫物質；糖尿病在腸壁肌肉和肌間神經叢常無明顯改變。