兒童肺炎支原體感染潛伏期較長，多數表現為咽炎、鼻炎、氣管炎和毛細支氣管炎，出現、明顯疲乏、食欲不振等癥狀。咳嗽初期為干咳，后轉為頑固性劇烈咳嗽，無痰或伴有少量黏痰，特別是夜間咳嗽較為明顯，嬰幼兒表現為喘憋和呼吸困難，嚴重者可發生支原體肺炎。發生支原體肺炎的兒童占全部肺炎支原體感染者的3%~10%。肺炎支原體感染還可能引起呼吸道以外其他器官的病變，如心肌炎、肝炎、關節炎、腎炎、腦膜炎、溶血性貧血、血小板減少性紫癜等。肺炎支原體還會引起其他系統和器官的病變，如麻疹樣皮疹、肌痛、游走性關節疼痛、肝功能損害、溶血性貧血、腦膜腦炎、心肌炎、心包炎、腎炎等。