1.血液檢查
可見白細胞計數增高，紅細胞及血紅蛋白降低，與失血、骨髓抑制及鐵、葉酸和維生素B12等吸收減少有關。血細胞比容下降，血沉增快。黏蛋白增加、白蛋白降低。血清鉀、鈉、鈣、鎂等可下降。
2.糞便檢查
可見紅、白細胞，隱血試驗呈陽性。
3.腸吸收功能試驗
因小腸病變作廣泛腸切除或伴有吸收不良者，可作腸吸收功能試驗，以進一步了解小腸功能。
4.結腸鏡檢查
是診斷克羅恩病最敏感的檢查方法。主要風險為腸穿孔和出血。
5.鋇劑灌腸檢查
鋇影呈跳躍征象。用于不宜做結腸鏡檢查者。
6.X線小腸造影
通過觀察小腸的病變，確定腸腔狹窄部位。
7.CT檢查
可同時觀察整個腸道及其周圍組織的病變，對于腹腔膿腫等并發癥有重要的診斷價值。