感染的各種病原學診斷技術均適用于免疫缺陷性肺炎患者的病原學診斷。需要強調指出：
（1）免疫缺陷患者感染可以累及多個器官系統如皮膚、胃腸道、中樞神經系統甚至敗血癥，故應根據病情多部位采集標本。就肺部感染而論，除采集合格痰標本外，有指征時創傷性診斷技術如經氣管吸引、肺穿刺、支氣管肺泡灌洗、防污染下呼吸道采樣和剖胸肺活檢顯得更有意義，臨床上應采取積極態度。
（2）此類患者抗體產生可能受損，血清學診斷抗體檢測結果的解釋需要謹慎。
（3）抗原檢測較經典微生物學方法（培養）具有快捷、結果不受抗生素治療的影響、較少受污染等優點。