共價閉合環狀DNA（cccDNA）和rcDNA在結構和理化特性上有三點不同：
①rcDNA在正鏈與負鏈上均有缺口或缺刻，只是部分區域互補故能形成環狀結構，但非超螺旋結構；而cccDNA兩條鏈均是完整的，二者共價互補，形成超螺旋結構。
②rcDNA能與蛋白質共價結合，cccDNA則不能。
③由于缺口或缺刻的存在，rcDNA可以被一些核酸酶如外切核酸酶Ⅲ（exonuclease Ⅲ）、綠豆核酸酶（mung beannuclease）等降解成寡核苷酸或單核苷酸，而cccDNA則由于是超螺旋且雙鏈結構均是完整的，一般不會被上述酶降解。上述差異是設計和建立共價閉合環狀DNA（cccDNA）檢測技術的基礎。