病毒性腦炎的病原體多樣，主要包括皰疹病毒、蟲媒病毒和腸道病毒等。但除乙型腦炎等少數幾種流行性腦炎之外，其他散發性病毒性腦炎的臨床表現相對較輕，少有以顳葉及額葉顯著損害為主的征象；血清及腦脊液檢查出相應病毒的特異抗體有助于鑒別。
乙型腦炎病情重，進展快，常以突發高熱而起病，迅速出現意識障礙、驚厥、抽搐等腦實質損害表現；而且發病集中在夏秋季多蚊季節，患者未接種乙腦疫疫苗，均可幫助診斷。
帶狀皰疹病毒性腦炎：本病少見。主要侵犯和潛伏在脊神經后根神經節的神經細胞或腦細胞的感覺神經節的神經細胞內，極少侵及中樞神經系統。臨床表現為意識模糊、共濟失調，局灶性腦損害的癥狀和體征。病變的程度輕，預后較好。病人多有胸腰部的帶狀皰疹的病史，CT無出血性壞死的表現，血清及腦脊液檢出該病毒抗原、抗體和病毒核酸陽性，可資鑒別。
腸道病毒性腦炎：多見于夏秋季，可為流行性或散發性。臨床表現發熱意識障礙平衡失調反復癲癇發作以及肢體癱瘓等。病程初期的胃腸道癥狀，腦脊液中的病毒分離或PCR檢查陽性可幫助診斷。
巨細胞病毒性腦炎：臨床少見，常見于免疫缺陷或長期使用免疫意志劑的患者。