斷裂基因的非編碼序列,在mRNA加工過程中被剪切掉,故成熟mRNA上無內含子編碼序列。內含子可能含有“舊碼”,就是在進化過程中喪失功能的基因部分。正因為內含子對翻譯產物的結構無意義,不受自然選擇的壓力,所以它比外顯子累積有更多的突變。