內含子（introns）在轉錄后的加工中, 從最初的轉錄產物除去的內部的核苷酸序列。術語內含子也指編碼相應RNA內含子的DNA中的區域。
大多數真核結構基因中的間插序列（intervening sequence）或不編碼序列。它們可以轉錄,但在基因轉錄后,由這些間插序列轉錄的部分（也可用內含子這個術語表示）經加工被從初級轉錄本中準確除去,才產生有功能的RNA。基因的編碼部分稱外顯子。內含子常比外顯子長,且占基因的更大比例。真核基因所含內含子的數目、位置和長度不盡相同,如雞卵清蛋白基因的外顯子被7個內含子隔開,雞卵伴清蛋白基因有17個內含子,α-珠蛋白基因有2個內含子,卵粘蛋白基因有6個內含子等。內含子（Intervening region）是一個基因中非編碼DNA片斷,它分開相鄰的外顯子。更精確的定義是：內含子是阻斷基因線性表達的序列。DNA上的內含子會被轉錄到前體RNA中,但RNA上的內含子會在RNA離開細胞核進行轉譯前被剪除。在成熟mRNA被保留下來的基因部分被稱為外顯子。真核生物的基因含有外顯子和內含子,是前者區別原核生物的特征之一。
內含子轉錄的mRNA與其它的成分是一樣的,均由4種核糖核苷酸組成,只不過被識別后剪切掉了。內含子也不是不變的,在合成某種蛋白質或多肽時為內含子,在控制合成另一種蛋白質或多肽時可能為外顯子。內含子在選擇性剪接扮演重要角色,一個基因可以因此而產生多種不同的蛋白質。歸根到底,是在剪接過程中同一段DNA,有時被看作外顯子,有時則是內含子。
有一種特殊的內含子,被稱作自剪接內含子（核酶）,它可以通過自身作用被切除,來離開mRNA。
內含子和外顯子的比例因種而異。河鲀魚的內含子比較少。
但內含子與垃圾DNA不同,垃圾DNA亦即那些基因以外的序列,還未被發現有任何功能的DNA,但可能是參與基因調控和選擇性剪接的調控。但若內含子對應的mRNA片斷若沒有被除去,可能會發生非常大的突變。如一種植物,科學家抑制了剪切酶的活性而保留了其mRNA中一段內含子。結果,該植物的雌蕊發育不正常。而雄蕊卻出現了雌蕊的特征。
“馬賽克基因”,就是說編碼的DNA片斷（外顯子）被非編碼區域（內含子）隔開,該概念是1977年由Hogness,Mandel和Chambon提出。