1.一般減毒活疫苗均保留一定殘余毒力，對一些個體(如免疫缺陷者)可能誘發嚴重疾病。
2.由于種種原因(如基因修飾等)，減毒活疫苗有可能出現"毒力返祖"現象。
3.是活微生物制劑，可能造成環境污染、而引發交叉感染等。
4.缺損顆粒可能干擾疫苗的免疫效果。
5.產品的分析評估較為困難。
6.保存、運輸等條件要求較高，如需冷鏈等。
