*SDS-聚丙烯酰胺凝膠電泳，常用于蛋白質分子量的測定。
*等電聚焦電泳，通過蛋白質等電點的差異而分離蛋白質的電泳方法。
*雙向凝膠電泳是蛋白質組學研究的重要技術。
* 層析(chromatography)或色譜法：待分離蛋白質溶液（流動相）經過一個固態物質（固定相）時，根據待分離蛋白質的顆粒大小、電荷多少及親和力等，使蛋白質組分在兩相中反復分配，并以不同速度流經固定相而分離蛋白質。凝膠過濾（分子篩，gel filtration；排阻色譜）：利用各蛋白質分子大小不同分離。
離子交換：蛋白質的電荷量及性質不同。
陽離子交換劑：CM-纖維素
陰離子交換劑：DEAE-纖維素
親和層析：抗原-抗體，配體-受體，金屬離子，生物素等
高效液相（HPLC）：反相HPLC，離子HPLC，凝膠過濾HPLC
* 超速離心法(ultracentrifugation)：根據蛋白質的分子量與形狀分離。