mRNA的核苷酸順序與蛋白質的氨基酸順序之間在結構上并沒有直接的相應關系,二者也不發生直接的相互作用。在這兩種不同的遺傳語言之間,必須通過譯員才能互相溝通。扮演這種譯員角色的就是各種tRNA分子。如果沒有tRNA的存在,也就無所謂密碼子了。因此密碼子的意義并不是單獨由mRNA決定的,而是由mRNA和攜帶氨基酸的tRNA相互作用所決定的。然而, tRNA分子上的反密碼子與其相應的氨基酸之間并無結構上的相關性,而且tRNA分子本身并不能催化相應氨基酸的荷載,而是需要相應的氨酰基-tRNA合成酶來催化。那么,氨酰基-tRNA合成酶又是如何識別它的兩個底物的呢?
對于氨基酸來說,該酶無疑是識別它們的側鏈基團； 而對于tRNA分子來說,氨酰基-tRNA合成酶又是識別哪個基團呢? 原來,每個tRNA分子上有一個特異的小區以供其氨酰基-tRNA合成酶所識別,這就是tRNA分子上的副密碼子。荷載相應氨基酸的tRNA分子并不能獨立地與mRNA發生作用,因為單靠密碼子與反密碼子三個堿基對之間的氫鍵聯結是無法保證配對精確性的,更無法形成肽鍵并促成肽鏈的起始,延伸和終止。這就需要核糖體和有關因子的存在。在遺傳信息流動的各個過程中,參與翻譯過程的生物大分子數目最多。因此,翻譯過程是一個極為復雜的過程。