病因尚不明確，可能與以下因素有關。
1.功能性肛門失禁可能源于肛門外括約肌協調運動異常、恥骨直腸肌無力、直腸順應性降低、直腸感覺運動功能障礙、肛門內括約肌靜息電壓降低等。
2.功能性排便障礙可能是獲得性行為障礙。
3.功能性肛門直腸痛與盆底肌肉痙攣或過度收縮、精神壓力、焦慮、緊張等因素有關。
