化膿性眼內炎的致病菌主要為細菌和真菌，以細菌更為常見。以往眼內炎以毒力較強的致病菌如金黃色葡萄球菌溶血性鏈球菌和銅綠假單胞菌多見。近半個世紀以來由于抗生素、激素和免疫抑制藥的廣泛使用，人工晶狀體植入術的普及以及實驗室檢查技術的提高，眼內炎致病菌的種類變得繁多。一些條件致病菌如表皮葡萄球菌、白色葡萄球菌、蠟樣芽胞桿菌等逐漸增多，真菌感染也日益增多。
