在遺傳學分析中，SNP作為一類遺傳標記得以廣泛應用, 主要源于這幾個特點:
（1）密度高
SNP在人類基因組的平均密度估計為1\1000 bp , 在整個基因組的分布達3×106個，遺傳距離為 2～3cM，密度比微衛星標記更高，可以在任何一個待研究基因的內部或附近提供一系列標記。
（2）富有代表性
某些位于基因內部的SNP有可能直接影響蛋白質結構或表達水平，因此，它們可能代表疾病遺傳機理中的某些作用因素。SNP自身的特性決定了它更適合于對復雜性狀與疾病的遺傳解剖以及基于群體的基因識別等方面的研究。
（3）遺傳穩定性
與微衛星等重復序列多態性標記相比，SNP 具有更高的遺傳穩定性。
（4）易實現分析的自動化
SNP標記在人群中只有兩種等位型(allele) 。這樣在檢測時只需一個“ + \ -”或“全\無”的方式，而無須像檢測限制性片段長度多態性，微衛星那樣對片段的長度作出測量，這使得基于SNP的檢測分析方法易實現自動化。