單純皰疹病毒的核酸擴增實驗法（NAATs），已成為確認皰疹感染的高靈敏度方法，臨床標本包括生殖器潰瘍、黏膜表皮部位及腦脊髓液等標本。PCR方法對無癥狀HSV病毒播散的檢測特別有用。HSV NAATs擴增檢測最大的限制是檢驗的費用。此類特別的樣本要用滌綸（Dacron）擦拭棒收取并置于病毒傳送培養液中：NAATs標本在4”C時可保存72h，若需長期保存標本應保持在-20”C。此NAATs比病毒培養法檢測單純皰疹病毒的靈敏度高四倍 [7] 。
