1.血液學檢查
白細胞計數增高或正常，與基礎疾病有關。嗜酸性粒細胞輕度增高。血清乳酸脫氫酶常增加。
2.血氣和肺功能
動脈血氣分析常有低氧血癥和呼吸性堿中毒。肺功能檢查肺活量減低。肺彌散功能低于70%估計值。
3.病原學檢查
痰、支氣管肺泡灌洗液，經纖維支氣管鏡肺活檢做特異性的染色如吉姆薩染色、亞甲胺藍染色、Gomori大亞甲基四胺銀染色，查獲含8個囊內小體的包蟲為確診依據。
4.血清學檢查
常見的方法有對流免疫電泳檢測抗原，間接熒光試驗，免疫印跡試驗。檢測血清中抗體及補體結合試驗等，但缺乏較好的敏感性和特異性，尚不能用以診斷肺孢子菌病。
5.X線表現
此種檢查是非特異性的，部分患者胸部X線可正常。典型的X線表現為彌漫性肺間質浸潤，以網狀結節影為主，由肺門向外擴展。病情進展，迅速發展為肺泡實變，病變廣泛而呈向心性分布，與肺水腫相似。在實變病灶中夾雜有肺氣腫和小段肺不張，以肺的外圍最明顯。罕有氣胸或胸腔積液等胸膜病變。亦有以局限性結節陰影，單側浸潤為表現。