卵巢殘余綜合征應與副卵巢或多余卵巢相鑒別：副卵巢是過多卵巢組織位于正常卵巢的附近，它可以與卵巢相連或發展成卵巢。多余卵巢則與正常位置的卵巢明顯分開，是由另外一個獨立始基發育而來的具有濾泡的卵巢組織，通常位于腎下極。此外，還應與殘余卵巢綜合征（ROS）相區別。ROS是指子宮切除時有目的保留卵巢，但術后卵巢卻發生病理改變，而ORS是在卵巢切除術后才出現的一系列臨床癥狀和體征的癥候群。
