卵巢混合性生殖細胞-性索間質腫瘤認為是卵黃管來源的良性腫瘤。有學者提出：
1.發生于原始生殖細胞與腔體上皮細胞
卵巢混合性生殖細胞-性索間質腫瘤由生殖細胞及性索間質細胞組成，從卵黃囊衍化而來。原始生殖細胞具有多向分化的潛能，向胚體內分化則形成畸胎瘤成分，向胚體外分化則形成內胚竇瘤及絨癌成分。另一類支持細胞及粒層細胞則屬于性索間質成分，來源于腔體成分，但又有學者提出來源于中腎管。
2.發生于單獨生殖細胞
卵巢混合性生殖細胞-性索間質腫瘤可單獨來源于生殖細胞，向胚體內和胚體外分化，也可分化及移行為性索間質成分的前身。