經由生化檢驗檢測蛋白質C活性。區別第一型與第二型蛋白質C缺乏癥，只能藉由功能性蛋白質C（functional protein C）活性與免疫性蛋白質C（immunologic protein C）濃度來分辨。
第一型蛋白質C缺乏癥，蛋白質C數量不足，但活性正常，可能與蛋白質濃度減少有關。第二型蛋白質C缺乏癥，由于蛋白質C基因的編碼區發生誤義突變（missense mutation），使出現不正常蛋白質，造成活性偏低。
影響蛋白質C的因素很多，因此，在診斷時，需考慮臨床癥狀，以做區分：
1、若測出蛋白質C活性降低，檢體需要分開再復檢，以確認數值低是與患者血漿中濃度較低相產，而非分析前變異（preanalytical variable）的結果。
2、Active clotting導致凝血酶原與抗凝血劑蛋白的消耗，可能造成蛋白質C的下降。
3、服用warfarin會造成蛋白質C活性下降，免疫性蛋白質C濃度也會呈現正常或降低的情況。當患者服用warfarin，并需評估蛋白質C時，則需要維生素K依賴的蛋白質作為對照，如凝血因子VII或蛋白質S。
4、懷孕女性的蛋白質C若為邊界值，較無法判別。
當懷疑此癥，應檢測患者的凝血因子，包括:活化部份凝血酶原時間（activated partial prothrombin time，aPTT）、凝血酶原時間（prothrombin time，PT）、纖維素原（fibrinogen level），與D-dimer（血漿D -二聚體）。
測試其他栓塞凝血因子以協助診斷，如：抗凝血物質、自由蛋白質S、APC抗性，或是做第五凝血因子（factor V Leiden）及凝血酶原G20210A的基因檢測；檢查胞漿素原或是纖維蛋白原血癥（dysfibrinogenemia）可能也有幫助。有些抗體可能增加凝血的危機，如：狼瘡抗凝血因子與anticardiolipin抗體也須列入檢查。
影像檢查是檢測特定血管，以評估是否有栓塞疾病。可做下列項目：超聲波、靜脈攝影術（venography）、核磁共振攝影、肺部換氣及灌注掃描（ventilation/perfusion scan）、螺旋電腦斷層掃描（spiral CT scan）與肺部血管攝影。