1.血液檢查 80%的病人有外周血嗜酸性粒細胞增多，黏膜和黏膜下層病變和肌層病變為主的病人(1～2)×109/L，漿細胞病變為主時，可達8×109/L。還可有缺鐵性貧血，血清白蛋白降低，血IgE 增高，血沉增快。
2.糞便檢查 酸細胞性胃腸炎糞便檢查的意義是除外腸道寄生蟲感染，有的可見到夏科-雷登(Charcot-Leyden)結晶，便常規檢查潛血呈陽性，有些病人有輕中度脂肪瀉。Cr 標記白蛋白增加，α-抗胰蛋白酶清除率增加，D-木糖吸收試驗異常。
其他輔助檢查：
1.X 線檢查 嗜酸細胞性胃腸炎缺乏特異性，X 線鋇餐可見黏膜水腫，皺襞增寬，呈結節樣充盈缺損，胃腸壁增厚，腔狹窄及梗阻。
2.CT 檢查 可發現胃腸壁增厚，腸系膜淋巴結腫大或腹水。
3.內鏡及活檢 適用于黏膜和黏膜下層病變為主的嗜酸細胞性胃腸炎。鏡下可見黏膜皺襞粗大、充血、水腫、潰瘍或結節，活檢從病理上證實有大量嗜酸粒細胞浸潤，對確診有價值。但活檢組織對于肌層和漿膜層受累為主的病人價值不大，有時需經手術病理證實。
4.腹腔穿刺 腹水病人必須行診斷性腹腔穿刺，腹水為滲出性，內含大量嗜酸性粒細胞，必須做腹水涂片染色，以區別嗜酸性粒細胞和中性粒細胞。
5.腹腔鏡檢查 腹腔鏡下缺乏特異性表現，輕者僅有腹膜充血，重者可類似于腹膜轉移癌。腹腔鏡檢查的意義在于進行腹腔黏膜組織活檢，得到病理診斷。
6.手術探察 對于懷疑嗜酸細胞性胃腸炎一般不行剖腹探查術來證實，但當有腸梗阻或幽門梗阻或懷疑腫瘤時才進行手術。