按照PNP底物專一性和分子量大小，可以將不同生物來源的PNP分為為高分子量同源六聚體類和低分子量同源三聚體類。多數細菌PNP屬六聚體，亞基分子量為25kDa，底物專一性不強，能接受腺苷、鳥苷、肌苷為底物；哺乳動物和部分微生物（Bacillus cereus、Bacillus stearothmophilusTH 6-2）PNP為三聚體，亞基分子量為30~32kDa，通常只接受肌苷、鳥苷為底物；某些微生物，如大腸桿菌、枯草芽孢桿菌、嗜熱脂肪芽孢桿菌，會同時存在兩種聚體PNP。
