現有酶制劑產品的發酵方式主要有固體發酵與液體發酵兩種，而一些市場銷售人員及消費者對此有許多困惑和偏見，有人認為液體發酵的酶產品純度高，染菌少，品質好；也有人認為固體發酵的產品酶譜廣，使用效果好。其實兩種發酵形式各有優劣。
首先，我們來了解一下什么是固體發酵。固體發酵是指沒有或者幾乎沒有自由水存在下，在有一定濕度的水不溶性固態基質中，用一種或多種微生物的一個生物反應過程。
固體發酵所用原料一般為經濟易得、富含營養物質的工農業副、廢產品，如麩皮、薯粉、大豆餅粉、高粱、玉米粉等。固體發酵是以氣相為連續相的生物反應過程。固體發酵一般采用開放式，所需設備簡單，易于操作。一般過程為：原料經蒸煮滅菌等預加工后，制成含一定水分的固體物料，接入預先培養好的菌種，進行發酵。發酵成熟后適時出料，并進行適當處理，或進行產物的提取。效率相對較高，提取工藝簡單可控。這種方法的缺點是：勞動強度大、不便于機械化操作。