（1） 以biotinylated oligo(dT）為引物反轉錄合成cDNA，以一種限制性內切酶（錨定酶 Anchoring Enzyme， AE）酶切。錨定酶要求至少在每一種轉錄物上有一個酶切位點，一般4堿基限制性內切酶能達到這種要求，因為大多數mRNA要長于256堿基（44）。通過鏈霉抗生物素蛋白珠收集cDNA3′端部分。對每一個mRNA只收集其polyA尾與最近的酶切位點之間的片段。
（2） 將cDNA等分為A和B兩部分，分別連接接頭A或接頭B。每一種接頭都含有標簽酶（Tagging Enzyme TE）酶切位點序列（標簽酶是一種Ⅱ類限制酶，它能在距識別位點約20堿基的位置切割DNA雙鏈）。接頭的結構為引物A/B序列+標簽酶識別位點+錨定酶識別位點。
（3） 用標簽酶酶切產生連有接頭的短cDNA片段（約9～10堿基），混合并連接兩個cDNA池的短cDNA片段，構成雙標簽后，以引物A和B擴增。
（4） 用錨定酶切割擴增產物，抽提雙標簽（Ditga）片段并克隆、測序。一般每一個克隆最少有10個標簽序列，克隆的標簽數處于10～50之間。
（5） 對標簽數據進行處理。在所測序列中的每個標簽間以錨定酶序列間隔，錨定酶采用Nia Ⅲ限制性內切酶，則以CATG/GTAC序列確定標簽的起始位置和方向。基因表達系列分析（SAGE）示意 錨定酶（AE）和標簽酶（TE）是NiaⅢ、FokI X和O分別表示不同標簽的核苷酸順序 由于雙標簽體的長度基本相同，不會導致擴增的偏態性，同時數量和種類極大的轉錄物使同一種標簽連接成雙標簽體的可能性極小，這保證了克隆中的每一個標簽代表一種轉錄物在當前細胞狀態下的一個單位的轉錄產物，因此通過計算機軟件的分析能夠得到上千種基因表達產物的標簽序列以及豐裕度。
雖然SAGE技術能夠盡可能全面地收集生物組織的基因表達信息，但也不能完全保證涵蓋所有的低豐度的mRNA。另外標簽體的連接可能因接頭的干擾造成克隆所包含的標簽體過少和克隆序列末端不能高效地連入載體。Powell利用磁性生物素珠特異吸附引物，避免了接頭的干擾（Powell 1998）。