真核生物在轉錄時往往需要多種蛋白質因子的協助。一種蛋白質是不是轉錄機構的一部分往往是通過體外系統看它是否是轉錄起始所必須的。一般可將這些轉錄所需的蛋白質分為三大類：
(1)RNA聚合酶的亞基，它們是轉錄必須的，但并不對某一啟動子有特異性。
(2)某些轉錄因子能與RNA聚合酶結合形成起始復合物，但不組成游離聚合酶的成分。這些因子可能是所有啟動子起始轉錄所必須的。但亦可能僅是譬如說轉錄終止所必須的。但是，在這一類因子中，要嚴格區分開哪些是RNA聚合酶的亞基，哪些僅是輔助因子，是很困難的。
(3)某些轉錄因子僅與其靶啟動子中的特異順序結合。如果這些順序存在于啟動子中，則這些順序因子是一般轉錄機構的一部分。如果這些順序僅存在于某些種類的啟動子中，則識別這些順序的因子也只是在這些特異啟動子上起始轉錄必須的。
黑腹果蠅的RNA聚合酶需要至少兩個轉錄因子方能在體外起始轉錄。其中一個是B因子，它與含TATA盒的部位結合。人的因子TFⅡD亦和類似的部位結合。同樣，CTF(CAAT結合因子)則與腺病毒的主要晚期啟動子中與CAAT盒同源的部位相結合。結合在上游區的另一個轉錄因子是USF(亦稱MLTF)，則可以識別腺病毒晚期啟動子中靠近-55的順序。轉錄因子Sp1則能和GC盒相結合。在SC40啟動子中有多個GC盒，位于-70到-110之間。它們均能和Sp1相結合。然而含有GC盒的不同的DNA順序與Sp1的親和力卻各不相同。可見GC盒兩側的順序對Sp1-GC盒的結合究竟如何能影響轉錄。有時候需要幾個轉錄因子才能起始轉錄。例如胞苷激酶的啟動子需要Sp1與GC盒結合和CTF與CAAT盒結合；腺病毒晚期啟動子需要TFⅡD與TATA盒結合和USF與其鄰近部位相結合。以上所述的因子是一般轉錄都需要的，似乎并沒有什么調節功能。另一些轉錄因子則可以調控一組特殊基因的轉錄。熱休克基因就是一個很好的例子。真核生物的熱休克基因在轉錄起始點的上游15bp處有一個共同順序。HSTF因子僅在熱休克細胞中有活性。它與包括熱休克共同順序在內的一段DNA相結合，所以這個因子的激活可以引起約包括20個基因的一組基因起始轉錄。在這里，轉錄因子和RNA聚合酶Ⅱ之間關系很類似細菌的σ因子與核心酶之間的關系。