MEN的發病機理有以下幾種學說
① MEN病變組織起源于APUD細胞。1964年A.G.E.皮爾斯將廣泛存在于內分泌腺體及其他組織中能產生內分泌性多肽物質的細胞稱為APUD細胞或APUD系統。這類細胞胞漿內含有胺類物質,能從血液中攝取胺的前體,含有脫羧酶可進行脫羧作用，最后合成生物胺及多肽激素。MEN中多數細胞來源于神經外胚層并屬于APUD細胞,當這些細胞受影響而發育異常時，則出現增生或形成良性或惡性腫瘤。
②基因突變。此學說認為遺傳異常基因存在于體內多種細胞內，可引起多個腺體的同樣病變，當位于常染色體上的某一基因有缺陷或發生了突變時，則影響某些神經外胚層細胞的正常發育，使出現異常的非典型增生而發生 MEN。
③與遺傳有關。本病有明顯的家族發病傾向，為常染色體顯性遺傳疾病。
④某種循環體液因子刺激使受累腺體惡變或某種細胞內酶缺陷而引起病變，使某些原來處于高度抑制狀態的結構基因編碼被病理因素激活或失去抑制,而產生某種不應產生的激素,引起相應的臨床癥狀。