診斷為MSA的患者多數預后不良。從首發癥狀進展到合并運動障礙(錐體系、錐體外系和小腦性運動障礙)和自主神經系統功能障礙的平均時間為2年(1~10年);從發病到需要協助行走、輪椅、臥床不起和死亡的平均間隔時間各自為3、5、8和9年。研究顯示,MSA對自主神經系統的損害越重,對黑質紋狀體系統的損害越輕,患者的預后越差。