兩藥主要從腎臟排泄。多粘菌素 B硫酸鹽排泄較慢，進入體內后有一延滯時間。注射后開始的12小時僅有0.1%藥量從尿中排出,但繼續用藥后則尿中排泄量增加,尿中可回收總量的60%；多粘菌素E甲烷磺酸鈉排泄較快,注射給藥8小時后的40%從尿中排出。在腎功能不良時，兩藥的消除半衰期明顯延長，必須減少藥量。多粘菌素B硫酸鹽的消除半衰期為6小時，多粘菌素E甲烷磺酸鈉的消除半衰期為 1.6～2.7小時。兩藥在體內均不能進入胸水、腹水、房水或腦脊液，用于治療革蘭氏陰性桿菌性腦膜炎時需用鞘內給藥的方法。
