大豆異黃酮中的金雀異黃素屬于低毒物質，其毒性主要表現為雌激素樣作用，可引起實驗動物性早熟、假孕、胎盤吸收、死胎、流產及不育等生殖毒性作用，體重及器官重量下降，超大劑量時可引起動物死亡。給予新生或青春期前大鼠500mg/kg劑量的金雀異黃素，可促進乳腺、子宮、卵巢的分化，乳腺重量增加。大豆異黃酮在發揮抗癌、抗動脈硬化、抗骨質疏松等有益作用的同時，也會影響雄性動物的內分泌，使其體內激素水平發生改變，并產生實質性的病理學變化，提示大豆異黃酮在發揮有益作用的同時對雄性動物生殖系統可能產生的不良作用不容忽視。新出生動物對金雀異黃素較為敏感的實驗結果，最近引起了人們對含大豆蛋白的嬰兒食品中異黃酮類物質含量的極大關注和擔憂。調查發現，在5個嬰兒食品品牌的25個樣品中，異黃酮平均含量為32-47μg/ml。按4個月嬰兒飲食量計，平均暴露量為28-47mg/d或45-80mg/kg/d。7份嬰兒血漿樣品中金雀異黃素和大豆素平均濃度水平分別為684μg/L和295μg/L，是食用母乳或牛奶的嬰兒血漿中濃度水平的200多倍。這樣高的異黃酮水平對嬰兒會產生何種效應還有待進一步的追蹤研究。