1、口服常見不良反應有頭痛、頭昏、眼花、食欲不振、惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉、皮膚瘙癢、皮疹、耳鳴和煩躁等。長期應用正常量或過量，可能會有較嚴重心臟反應。心電圖上出現QRS波增寬，QT延長，T波改變，傳導紊亂或室性心動過速，嚴重者可發生循環虛脫。腎衰竭可能由循環衰竭引所致。
2、大劑量攝入中毒或靜脈投藥時，由于心肌抑制，外周血管擴張，可使血壓驟降，呼吸變慢變淺，發熱、煩躁不安或譫妄等。
3、金雞納中毒綜合征：少數病人對本品過敏，小量就可引起本綜合征：耳鳴、頭痛、頭昏、視力障礙、眩暈綜合征。重者可引起心臟傳導紊亂、室性心動過速、腹痛、腹瀉、呼吸抑制、腎功能減退、暫時性耳聾等。
4、奎寧黑蒙是最嚴重的不良反應。首先出現瞳孔擴大，對光反射存在。最明顯的表現是視野縮小，甚至視力喪失。眼底檢查可見動脈變窄，一般停藥后可恢復，少數病人為永久性失明。
5、少數惡性瘧患者使用本品可發生急性血管內溶血，黑尿熱伴腎功能損害或腎衰竭致死。
6、個別病人用藥中發生粒細胞減少或血小板減少。罕見過敏性休克發生。有刺激子宮壁的作用，引起孕婦流產。
7、中毒性弱視是人體吸收了外來的毒性物質使視神經纖維變性，引起勢力障礙。中毒性弱視的臨床表現已為人們所知，但對有關的中毒性視神經病變的發病機制了解很少。一般多雙眼發病，多侵犯視交叉以下的視神經或視網膜神經節細胞層，因此不出現偏盲性視野改變。