嬰兒濕疹的病因較復雜，其發病與多種內外因素有關，有時很難明確具體的病因。患兒往往由消化道攝入食物性變應原如魚、蝦、牛羊肉、雞蛋等致敏因素，使體內發生Ⅰ型變態反應。嬰兒濕疹的高度發病率主要是由于患兒皮膚角質層薄，毛細血管網豐富，以及內皮含水及氯化物較多，因而容易發生變態反應。此外，機械性摩擦如唾液和溢奶經常刺激，也是本病的誘因。護理不當如過多使用較強的堿性肥皂，過高營養，以及腸內異常發酵等也可引起本病。有些嬰兒，尤其在新生兒時期，由于母體雌激素通過胎盤傳給胎兒，以致新生兒皮脂增多，易致脂溢性濕疹。
有些嬰兒有遺傳過敏素質(異位性素質)，家族中也有異位性皮炎、魚鱗病、哮喘或過敏性鼻炎等病史，患兒對食物過敏，血中IgE數值增高，嗜酸細胞增高。隨著年齡增長，皮膚損害逐漸限局于四肢屈側處(肘窩、腋窩)，往往劇烈抓癢、反復不愈，直至兒童期甚至延續到成人期。某些外在因素如日光、紫外線、寒冷、濕熱等物理因素，接觸絲織品或人造纖維，外用藥物以及皮膚細菌感染等，均可引起濕疹或加重其病情。