1.糞便檢查
在嬰兒型與成人的嬰兒型肉毒中毒者，糞便顯微鏡檢查可見革蘭陽性芽胞桿菌。
2.細菌培養
將可疑食物、嘔吐物或排泄物加熱煮沸20分鐘后，接種于血瓊脂培養基作厭氧培養，可分離出肉毒梭菌。
3.毒素試驗
4.毒素檢測
應用抗肉毒毒素抗體進行中和試驗，檢查患者血清中肉毒毒素，可對毒素分型。
5．肌電圖檢查
有肌纖維顫動、單次刺激反應降低，多次刺激電勢反而增高，有短持續期小波幅多相運動、電勢增加等表現，可作為輔助診斷。
