1.種植學說
經血逆流，內膜種植。月經期，經血從宮口、陰道排出體外是順流而下，但是有小部分經血或因其他原因夾雜著脫落的子宮內膜碎片，由輸卵管道流入腹腔，種植在盆腔臟器的表層形成子宮內膜異位病灶。
2.化生內膜
漿膜上皮，化生內膜。人體在胚胎發育時期，卵巢表面上皮、腹膜、陰道直腸膈、臍部均由體腔上皮化生而來，這些組織在性腺激素、炎癥、機械因素的刺激下能夠轉化，形成另一種組織，同樣可以化生為子宮內膜。
3.良性轉移
血液、淋巴良性轉移。這是一種較為罕見的發病原因。出現在肺部、腦膜、心包、四肢及其他遠端的子宮內膜異位癥，是通過血液循環或淋巴系統將子宮內膜碎屑轉移停留在某臟器或組織上而發病。
4.醫源性的內膜移植
這是一種人為造成的使子宮內膜移植到某些部位，多見于剖宮產術，早期中期妊娠行刮宮術，分娩時行會陰側切術，人工流產術等過程中。
5.免疫防御功能缺陷
隨經血逆流至腹腔的子宮內膜，如同一種異物，會激活身體內的免疫系統，動員出大量的免疫細胞及體液圍殲消除，假如體內免疫功能缺陷，就會發展成為子宮內膜異位癥。
6.遺傳因素
子宮內膜異位癥具有一定的遺傳傾向和家族聚集性，有家族病史的人患此病居多。