孤立性直腸潰瘍綜合癥可出現幾乎所有肛腸疾病的癥狀。病程多為慢性，數月至數年不等。常見的癥狀有：便血，發生率達80%～90%，色鮮紅，量少，偶有大量出血；排便困難或便秘，有肛管直腸阻塞感，里急后重，有時需用手指插入肛門內以幫助排便，有的感排便不盡，需多次排便，但每次量少，甚至每次要花費很長時間；更有甚者大便失禁；部分患者左下腹可捫及乙狀結腸腸襻，并有壓痛；黏液便；疼痛，常位于直腸肛門、會陰部、骶部或左髂凹。
