自然界中僅有少數幾種植物含有天然的功能性低聚糖。例如：洋蔥、大蒜、芒殼、天門冬、菊苣根和洋薊等中含有低聚果糖，大豆中含有大豆低聚糖。
但是，從一般人日常的膳食習慣上看，一個人每天從天然食物中攝取的低聚糖往往很難達到日常推薦量標準。額外補充些低聚糖，對于嬰幼兒、成年人、老年人、工作壓力大的人和那些希望擁有健康的消化系統的人是非常有益的。
