軍團病的病死率約為15%，年齡越大，病死率越高，有基礎疾病或免疫缺陷者病死率亦高。死亡原因多數為呼吸衰竭，其次為休克和急性腎功衰竭。軍團病腎病病死率高。早期診斷，積極治療可顯著降低病死率。若為免疫功能低下者，如發生在腎透析、腎移植、惡性腫瘤及接受免疫抑制劑的病人中，預后較差。如能早期診斷及給予有效治療，病死率可以降低。
