各種病原微生物即為尿感的病因，大腸桿菌占75%～90%，其次為肺炎克雷白桿菌、變形桿菌、產氣桿菌和產堿桿菌，近年來革蘭陽性球菌的比例升高，如腸鏈球菌和葡萄球菌。由器械操作誘發尿感的細菌可為腸道細菌和銅綠假單胞菌。在泌尿道梗阻、結構異常、尿路結石、膀胱輸尿管反流和神經源性膀胱的基礎上并發的尿感可為一種以上細菌的混合感染。病毒感染，特別是腺病毒可引起出血性膀胱炎。真菌感染可能繼發于糖尿病的留置導尿、免疫缺陷病或類固醇、廣譜抗生素或其他免疫抑制劑的治療過程中。
