(1)糞便常規檢查：肉眼觀以糊狀黏液膿血便為最常見，重癥者糞質極少，少數患者以血便為主，伴有少量黏液或無黏液。鏡檢可見大量紅細胞、膿細胞，還可見嗜酸性粒細胞，急性發作期糞便涂片中常見有大量多核的巨噬細胞。
(2)病原學檢查：炎性腸病病原學檢查目的在于排除感染性結腸炎，是本病診斷的一個重要步驟。病原學檢查的內容包括：
①細菌培養：應反復多次檢查，若滿足于臨床診斷，須連續做3次以上，如選擇科研病例，應連續6次以上。
②溶組織阿米巴滋養體檢查：取新鮮糞便，尤其是血性黏液便，反復多次檢查(同細菌培養)。
③糞便集卵：留取每次的全部糞便，做集卵和孵化，應連續多次進行(同細菌培養)。可排除慢性血吸蟲病及其他寄生蟲感染。
④病毒學檢查：本病急性發作時，應盡可能用電鏡或免疫電鏡在糞便中找病毒顆粒，或免疫學方法找病毒特異性抗原，以排除病毒機會性感染。