可行以下檢查以明確診斷：
一、血液檢查：外周血可有白細胞增多或減少，血小板減少；血生化檢查可有代謝性酸中毒等。
二、大便檢查：呈現潛血陽性。
三、腹部平片：每個有膽汁性嘔吐的新生兒都應立即接受影像學檢查，通常為前后直立位及側臥位腹部平片。中腸扭轉影像學表現有：胃出口梗阻，可見擴張的胃泡，遠端氣體減少；典型的雙泡征提示十二指腸梗阻。
四、上消化道造影：腸扭轉最典型表現是十二指腸第2、3段出現“鳥嘴樣”改變；十二指腸部分梗阻則可呈“螺旋樣”改變。需要指出，懷疑急性腸扭轉時不宜行此檢查。腹部平片中未能顯示的充滿液體的擴張腸段也可使十二指腸空腸連接部下移，造成旋轉不良假象，此時可經肛門注入造影劑，以確定回盲部位置。