由于早期診斷和治療水平的提高，兒童腦膿腫的病死率由既往的30%下降至5%～15%。大約2/3的腦膿腫患者可完全恢復而不留后遺癥，存活者中10%～30%并發癲癇發作。其他神經后遺癥包括偏癱、腦神經麻痹（5%～10%）、腦積水、智力或行為異常等。
