小腸結腸炎耶爾森氏菌分布很廣，可存在于生的蔬菜、乳和乳制品、肉類、豆制品、沙拉、牡蠣、蛤和蝦。也存在于環境中，如湖泊、河流、土壤和植被。已從家畜、狗、貓、山羊、灰鼠、水貂和靈長類動物的糞便中分離出該菌。在港灣周圍，許多鳥類包括水禽和海鷗可能是帶菌者。
小腸結腸炎耶爾森氏菌是30年代引起注意的急性胃腸炎型食物中毒的病原菌，為人畜共患病。潛伏期約攝食后3-7天，也有報導11天才發病。病程一般為1-3天，但有些病例持續5-14天或更長。主要癥狀表現為發熱、腹痛、腹瀉、嘔吐、關節炎、敗血癥等。耶爾森氏菌病典型癥狀常為胃腸炎癥狀、發熱、亦可引起闌尾炎。有的引起反應性關節炎，另一個并發癥是敗血癥，即血液系統感染，盡管較少見，但死亡率較高。
本菌對易染人群為嬰幼兒，常引起發熱、腹痛和帶血的腹瀉。