1.將外套管安裝于內鏡鏡身，檢查各氣囊膨脹和導管連接情況。
2.內鏡插入體內，將外套管沿內鏡滑入體內并固定。
3.將內鏡盡量前插，重復此動作，直至內鏡前端進入十二指腸。
4.外管套前端的氣囊充氣膨脹，撐開小腸壁，隨后內鏡繼續前進。
5.將內鏡前端氣囊充分充氣，使其與小腸壁相對固定，并將外套管沿內鏡前滑至相應刻度。
6.緩慢后撤，直到遇到阻力為止，此過程可在X線下完成。
7.將內鏡氣囊放氣，逐漸插入內鏡，直至鏡身全部進入套管。
重復4～7的步驟，使內鏡和外套管逐步進入深部小腸。在檢查同時記錄進鏡深度、黏膜表現、皺襞、絨毛形態、腸腔特征、腸道血管分布和特點、檢出病變特征、是否行黏膜標記及標記物和數量等。
SBE與DBE檢查相似，其內鏡前無氣囊，但內鏡尖端可制作成較為彎曲的角度以撐開小腸壁。
螺旋管小腸鏡是在單氣囊或雙氣囊的基礎上，采取一種柔軟、高度螺旋上升的外管套結構，內鏡依靠螺旋式外管套在小腸內不斷前進，隨著外管套在小腸內不斷旋轉，小腸不斷被拉向外套管側。