1、上皮細胞 一般情況下，尿沉渣中可檢出3類上皮細胞，即腎小管上皮細胞、移行上皮細胞和扁平上皮細胞。扁平上皮細胞最為常見，尤其是女性。尿中少量上皮細胞通常是細胞新老更替的生理現象。如果上皮細胞數量明顯增加或形態出現異常，常提示上皮細胞來源部位發生病變或腫瘤。在腎缺血或腎小管毒性損傷（氨基糖苷類藥物、重金屬、免疫抑制劑、毒蕈等），尿中出現大量腎小管上皮細胞。嚴重者甚至出現腎小管上皮細胞管型或細胞團。
2、集合管上皮細胞 在多種腎臟疾病，如腎小球腎炎、急性腎小管壞死、腎移植排斥反應和水楊酸鹽中毒時，集合管來源的上皮細胞數量明顯增加，尿液中有時可見集合管上皮細胞的碎片。尿沉渣中集合管來源的上皮細胞碎片≥ 3 個/HP，可見于伴有嚴重腎小管基底膜完整性破壞的腎小管損傷，也可見于缺血性腎小管壞死（伴有腎小管損傷和病理管型）。
3、移行上皮細胞 覆蓋于腎盂、輸尿管、膀胱、輸精管、前列腺排泄管、尿道表面，細胞大而薄。如果尿液中出現大量移行上皮細胞，提示尿路感染，也可見于留置尿管或其他尿路器械操作。如果沒有上述原因，尿中出現成片脫落的移行上皮細胞，應警惕腎盂以下尿路移行細胞腫瘤，需行脫落細胞學檢查。
4、扁平上皮細胞 尿中最常見的上皮細胞，尿沉渣檢出扁平上皮細胞臨床意義不大。隨著研究深入，泌尿系統上皮細胞越來越引起關注，包括腎固有細胞－腎小球足細胞（podocyte）及病毒感染的腎小管上皮細胞。腎小球足細胞是腎小球濾過屏障的重要組成之一，足細胞病變到一定程度時，足細胞從腎小球基底膜剝離，出現于尿液。受尿液理化因素的影響，足細胞在尿液中很難保持原有形狀，須借助特殊細胞化學染色加以鑒定。尿液中足突細胞膜成分和足細胞數量有助于評價腎臟疾病的嚴重程度和對治療的反應。
5、Decoy 細胞 由于使用大劑量免疫抑制劑，患者病毒如巨細胞病毒（cytomeglovirus, CMV）和BK 病毒感染等的幾率上升。腎小管上皮細胞感染BK 病毒（Decoy 細胞）后，會發生變性、壞死，甚至脫落。感染早期血液學檢測陰性，腎組織免疫組織化學染色可檢測出病毒。間接免疫熒光法檢測尿液中存在Decoy 細胞。尿液Decoy 細胞檢測有助于治療方案及時更改。