本病的病因尚未完全明確，可能和以下因素有關：
1.遺傳易感性
本病在同一家族中發病率高，在不同種族間的發病率也不一致，在猶太人中發病率明顯高于其他種族，提示其發生可能和遺傳因素有關，但是發現Crohn病有特異性的組織相容性抗原出現。
2.細菌、真菌及病毒感染
細菌、真菌及病毒感染可能和Crohn病的發病有關，但到目前尚沒有直接的證據。
3.免疫因素。
