在西方國家，布加氏綜合征多因血液高凝狀態導致肝靜脈血栓形成而致。常不涉及下腔靜脈，或由明顯腫大的肝臟外壓下腔靜脈而繼發下腔靜脈高壓。
而在東方國家，則以發育異常為多見。在胚胎發育過程中，心下靜脈向下、肝總靜脈向上生長，而后二者連接后必須溝通。若二者發育到一定階段而停止，即可導致下腔靜脈不連或連接不全。發育異常多為隔膜型、或蹼狀、或篩狀、或膜狀。部分病人為肝靜脈內血栓形成，血栓也可繁衍至肝后下腔靜脈，形成肝靜脈-下腔靜脈阻塞。
其他原因如真性紅細胞增多癥、陣發性夜間血紅蛋白尿、口服避孕藥、白塞氏綜合征、非特異性血管炎癥、血液高凝狀態引起的下腔靜脈血栓形成；腔外壓迫如腫瘤、肥大的肝尾葉或妊娠等均可導致本病的發生。