但是，由于待測樣品往往不宜完全分散成單個細胞，所以，長成的一個單菌落也可能來自樣品中的2～3或更多個細胞。因此平板菌落計數的結果準確度往往偏低。為了清楚地闡述平板菌落計數的結果，已傾向使用菌落形成單位（cfu ：colony-forming units），而不以絕對菌落數來表示樣品的活菌含量。
